بدأت الدكتورة فاطمة مسيرتها الطبية كطبيبة مقيمة في طب الأطفال في مستشفى الشفاء الدولي لمدة 4 سنوات، ثم شغلت منصب أمين سجل  لمدة سنة، وبعدها عملت كأستاذ مساعد لمدة سنتين في معهد روال لعلوم الصحة، مسهمة بذلك في كل من العمل في العيادات والتعليم الطبي.

عملت بعد ذلك كاستشارية طب أطفال في مجمع إسلام آباد الطبي لمدة 6 سنوات قبل انضمامها إلى مستشفى الأهلي.

تتمتع بخبرة تزيد عن 12 عاماً في إدارة مجموعة واسعة من الحالات الطبية للأطفال، وهي استشارية طب أطفال متمرسة، ملتزمة بتقديم رعاية شاملة قائمة على الأدلة العلمية للأطفال من جميع الفئات العمرية.